مراجع و علما در عصر تاخت‌وتاز مغول

ازجمله عالمان و فقیهان این دوره می‌توان به دانشمندان و مراجع ذیل اشاره کرد:

محقق اول

جعفر بن حسن بن یحیی معروف به «محقق اول» یا «محقق حلی» (محقق صاحب‌الشرایع) که در حوزه علمیه قوی و عالم‌خیز حله تحصیل کرد و فقه را در مکتب ابن ادریس از دو شاگرد صاحب‌نامش، نجیب‌الدین محمد بن نما و شمس‌الدین سید فخار بن معد موسوی فراگرفت و مجددا حله را ماوای مرجعیت قرار داد. 

مرحوم حجت‌الاسلام علی دوانی درباره وی می‌نویسد: «...محقق حلی، فقیهی باشهامت و دارای نظری وسیع و دقتی بسزاست. محقق، دایره فقه را توسعه داد و آزادی توام با احترام نسبت به فقهای قبل و بعد از خود، راه را برای تحقیق و بررسی و تجزیه‌وتحلیل فقه باز کرد. به همین جهت نظریات و فتاوای او از دقت‌نظر و تعمق و استقامت خاص و قابل‌تحسینی برخوردار است...»
آیت‌ا... جعفر سبحانی درباره محقق حلی می‌نویسد: «...تدریس می‌کرد و فتوا می‌داد و زعامت شیعه در زمان خودش به وی منحصر شد...»
معروف‌ترین کتاب فقهی او، «شرایع الاسلام فی مسائل الحلال و الحرام» است که به‌دلیل نظم منطقی، تقسیم‌بندی دقیق، عبارات کوتاه و پرمعنا و دقت‌نظر مولف تاکنون یکی از کتاب‌های درسی حوزه‌های علمیه بوده و فقهای بزرگ بر آن شرح نوشته‌اند که مهم‌ترین آنها، «جواهرالکلام» است که شیخ‌الفقها و امام‌المحققین محمدحسن نجفی معروف به «صاحب جواهر»، آن را متن کتاب جواهر قرار داده است.  کتاب‌های دیگر فقهی محقق حلی: النافع فی مختصر الشرایع، نکت ‌النهایه، المعتبر فی شرح المختصر و کتابی هم در علم اصول از محقق به‌نام «المعارج فی اصول الفقه» به چاپ رسیده است.

علامه حلی

حسن بن یوسف بن علی بن محمد بن المطهر ملقب به جمال‌الدین و معروف به علامه حلی در حله تحصیل علم کرد و فلسفه و ریاضیات را نزد خواجه نصیرالدین طوسی و ابن میثم حرانی و علی‌بن طاووس و احمد بن‌طاووس فرا گرفت. 
ابن داوود، معاصر علامه درباره وی نوشته است: «...او رهبر طایفه شیعه و علامه زمانش و صاحب تحقیق و دقت بود.

"محقق، دایره فقه را توسعه داد و آزادی توام با احترام نسبت به فقهای قبل و بعد از خود، راه را برای تحقیق و بررسی و تجزیه‌وتحلیل فقه باز کرد"دارای تصانیف فراوان است و ریاست و زعامت شیعیان به او منتهی شد...»
برای علامه حلی بیش از یکصد تالیف ذکر کرده‌اند اما مهم‌ترین کتاب‌هایی که از او در دسترس حوزه‌هاست و بارها چاپ شده، عبارتند از: تذکره الفقهاء، ارشاد الاذهان الی احکام الایمان، نهایه الاحکام فی معرفه الاحکام، مختلف الشیعه فی احکام الشریعه، منتهی المطلب فی تحقیق المذهب، تحریر الاحکام الشریعه علی مذهب الامامیه، تبصره المتعلمین فی احکام الدین، مبادی الوصول الی علم الاصول، تهذیب طریق الوصول الی علم الاصول، خلاصه الاقوال فی معرفه الرجال و قواعد الاحکام فی مسائل الحلال و الحرام. علامه با این‌که در فقه شهرت یافت اما متکلمی توانا بود و علاوه بر نگارش ده‌ها کتاب کلامی، فلسفی، منطقی و تفسیری بر کتاب استاد کلامی‌اش، خواجه نصیرالدین طوسی، شرحی به‌نام «کشف المراد فی تجرید الاعتقاد» نوشت که یکی از کتاب‌های درسی حوزه‌های علمیه است. او از پرکارترین علمای اسلام بود و کثرت کتب به‌چاپ‌رسیده او برای یک نفر در حد معجزه به‌شمار آمده است. یکی از خدمات معروف علامه حلی، مسلمان‌شدن اولجایتو، سلطان مغول بود که به سلطان محمد خدابنده تغییر نام داد. علامه حلی پس از آن، کتاب معروفش به‌نام «منهاج الکرامه» در شرح امامت را به‌نام سلطان محمد خدابنده تحریر نمود. 

فخرالمحققین

محمد بن الحسن یوسف بن علی بن المطهر معروف به «فخرالمحققین» فرزند علامه حلی که نزد پدر تعلیم گرفت و در فقه استاد شد و به درجه اجتهاد نایل آمد.

شهید اول، شاگرد علامه، او را شیخ و امام و سلطان‌العلماء نامید که از این عبارت زعامت و پیشوایی فخرالمحققین ظاهر می‌شود. معروف‌ترین کتاب او، «ایضاح‌الفوائد» است که در شرح کتاب قواعد پدرش نوشته است. این کتاب منبع استنادی فقها به‌شمار آمده که در چهار جلد به چاپ رسیده است. 
فیروزآبادی صاحب «القاموس‌المحیط» وی را چنین توصیف کرده است: «...شیخ من و مولایم، علامه زمان، دریای علوم، قله رفیع، فخر دین و برهان عالمان، جمال‌الدین ابن منصور الحسن بن یوسف بن المطهر الحلی...»
محمد بن محمد بن الحسن معروف به «خواجه نصیرالدین طوسی» از علمای معروف و از فلاسفه بزرگ قرن هفتم هجری قمری است. شهرت او در علوم عقلی و فلسفه و کلام است اما درعین‌حال او را از فقها نیز دانسته‌اند. علامه حلی، شاگرد کلامی خواجه، او را برترین عالمان زمانش در علوم عقلیه و نقلیه دانسته و گفته: «...وی دارای تصانیفی در حکمت و احکام شرعیه برمبنای مذهب امامیه است...»

خواجه نصیر طوسی

خواجه نصیرالدین طوسی فارغ‌التحصیل حوزه علمیه نیشابور بود و از کتاب‌های مهم وی می‌توان به «اخلاق ناصری» اشاره کرد که در دربار حاکم قهستان، ناصرالدین محتشم تالیف نمود.

"به همین جهت نظریات و فتاوای او از دقت‌نظر و تعمق و استقامت خاص و قابل‌تحسینی برخوردار است...»آیت‌ا.."خواجه پس از هجوم مغول و حاکمیت هلاکو، با نفوذ در فکر و دربار آنها، موفق شد حکم تاسیس دانشگاه و رصدخانه مراغه را بگیرد و در همان زمان سرپرست اوقاف کشور اسلامی بود. او با استفاده از امکانات حکومتی و اوقاف، دانشگاهی بزرگ در مراغه تاسیس کرد و رصدخانه‌ای کم‌نظیر برپا ساخت و از همه دانشمندان مسلمان دعوت کرد تا در آن دانشگاه به تحقیق و تعلیم بپردازند. خواجه کتابخانه عظیمی نیز در آن دانشگاه به‌وجودآورد که ۴۰۰هزار جلد کتاب را شامل می‌شد. ابتکار او به تاسیس آکادمی علوم و فنون در زمانی صورت می‌گرفت که مغولان وحشی، سراسر جهان اسلام را از چین و هند تا خاورمیانه ویران ساخته بودند.